PrivateFlare работает с Keitaro без дополнительной настройки: домены подключаются по стандартной инструкции трекера.
Единственное обязательное условие — отключите в Keitaro принудительный редирект на HTTPS:

Такое сообщение в Keitaro — это нормально:

Сертификатами теперь управляет PrivateFlare, поэтому Keitaro не может выпустить их сам — и ему это не нужно. Используйте домены как обычно.